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药学院近20多年来联系病理和药理过程在分子层次、细胞层次、和整体动物层次研究外源性物质生物效应的化学基础。率先建立了化学生物学系，并且与基础医学和临床医学紧密合作，在研究某些病理、药理、毒理过程与分子结构核反应过程等方面作出很多成绩。同时，在人才引进和培养、实验室建设、课程设置等方面开也做了大量工作。目前已初步形成了一支梯队比较合理的教师队伍。药学院化学生物学现有教授10名，副教授8名，其中中科院院士2名，博士生导师6名，教师总数为34名。
化学生物学研究生命过程中的化学基础。疾病的发生发展是致病因子对生命过程的干扰和破坏；药物的防治是对病理过程的干预。本学科针对上述两个方面进行化学生物学研究。新药发现战略有两个发展：第一，从基于药物的结构和药效的关系向基于结构-性质[主要是化学生物学性质]-药效关系发展；第二，从针对特定靶分子向针对干预病理过程发展。因此化学生物学成为新药发现中的必不可少的基础。本学科将从分子层次、细胞层次和整体动物层次研究病理、药理、毒理过程的化学生物学基础，并在这个基础上研究结构、化学生物学性质和药理/毒理/代谢行为的关系。
我院化学生物学系的研究宗旨是充分利用我们在医学和药学方面的优势，用化学的理论和方法研究生命现象、生命过程的化学基础以及干预和调整疾病发生发展的途径和机理，为新药研究奠定基础。它包括：
1． 生物系统的结构化学：研究分子以上细胞以下中间层次的结构，探索从分子到生物组织的结构与功能的关系。
2． 生命系统化学：研究生物系统的组成、反应和反应间的关系。
3． 生命过程化学：主要研究病理、药理和毒理过程的化学基础。
4． 以病理过程为基础的预防和治疗用药的研究与开发： 把药物化学、药理学和化学生物学结合，创造新的医药研究系统。
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