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药剂学系的前身是药剂学教研室。1996年12月重新组合，由药剂研究室、物理药学研究室和分析与药物分析化学研究室共同组成药剂系；2003年经过重新调整后药剂学系由药剂研究室和物理药学研究室组成。现任系主任为张强教授，系副主任为刘艳副教授。
药剂学系拥有一支高素质的 科研教学队伍 。全系目前有教职员18名，包括3名教授、7名副教授，2名博士导师、6名硕士导师，8人有博士学位，5人具有硕士学位；先后涌现出一批全国知名的学者与教授，如王鸿辰教授、刘崇悌教授、魏树礼教授、侯新朴教授、庞贻慧教授等，在全国享有盛誉。
药剂学系承担着大量的 教学工作 。包括本科生课程10门次，研究生课程9门；作为全院一级学科授予权单位和博士后流动站的组成部分，该系可招收药剂学硕士研究生、博士研究生以及博士后研究人员，已形成了较完整的现代药剂学的教学体系。
药剂学系的 科学研究 工作相当活跃。全系发表SCI收录的学术论文40余篇，被SCI引用100多次，获得省部组科研和教学成果奖17项，完成国家级科研任务近20项。该系的“药剂学与生物药剂学科研究室”先后进入了我校二期“211工程”重点建设项目，该系的药剂学科也是全国二个长江计划特聘岗位的药剂学科之一；目前全系承担多项国家自然科学基金项目（包括重大项目、重点项目和面上项目）及863计划等国家和部委级科研项目；主要研究方向包括生物技术药物的新型给药系统，以纳米粒、脂质体、微球和微乳为主的载体给药系统和群体药物动力学等。
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